国境通過の輸出入貨物に、正規の手続きを行い、所轄の税関を通過させる事で、輸出通関と輸入通関がある。一般的に通関というと、輸入又は輸出の申告から輸入又は輸出の許可が下りるまでを指す事が多い。輸出及び輸入通関の流れについては下記の通り。

輸出通関の流れは、貨物が保税地域に搬入されて、輸出申告が行なわれ、税関における審査と検査が実施された後に輸出許可を得る。

輸入通関の流れは、貨物を本船から荷卸して、保税地域に搬入してから輸入申告を行なう。その後、税関で輸入検査と審査が行なわれ、貨物に順ずる関税を納付して輸入許可を受領する。

英語表記：【custom clearance】